1月3～8日校党委召开党建工作会议，全面总结近年来党建工作的经验，提出了新形势下党建工作的目标。
1月18日学校通过“西安交通大学‘211’工程建设子项目竣工验收办法”、“西安交通大学在职获得博士学位教师科学研究基金管理办法”和“西安交通大学自考助学学生证管理办法”3个规章；成立“西安交通大学‘十五’与二期‘211工程’学科规划小组”；调整并设立新一届“西安交通大学学术委员会”。
1月18日学校与宁夏回族自治区在高层次人才培养、共同组织重大产业化项目、联合申报国家重大科技项目、建立产学研合作基地等方面达成合作协议。
1月20日国家档案局正式批准西安交大档案馆档案工作目标管理国家一级认定。
1月21日学校聘任电力科学研究院名誉院长郑健超院士为兼职教授。
1月24日召开全校干部大会，部署本学期工作：加快“211工程”建设，制定学校发展规划；全面推进学校改革，转换机制，提高办学质量和效益；抓好基本建设，改善环境与条件；大兴学习之风，加强党的建设和思想政治工作，搞好机关机构改革等工作。
1月28日上海交大党委书记王宗光、校长谢绳武一行访问学校，双方就共同关心的学科建设、师资队伍建设、研究生培养等进行了交流。
1月国务院正式批准教育部“面向21世纪教育行动计划”。校党委和校行政酝酿贯彻落实措施。
2月1日西安交大被中共陕西省委、省政府授予“文明校园”称号。
2月4日陕西省教工委授予西安交大“民主管理先进集体”称号。
2月5日开元集团董事长兼总裁王太川获第三届中国优秀青年科技创业奖。
2月5～8日选派6个队参加了美国大学生数学建模竞赛，其中，两个队获得一等奖，两个队获得二等奖。
2月7～11日王文生书记、徐通模校长率团访问上海，受到中共上海市委书记黄菊等接见。期间，代表团与上海卢湾区签订了科技合作协议，并访问了上海交大。
2月9日中国科学院院士、著名金属材料专家、一级教授周惠久逝世。
周惠久（1909～1999），1931年毕业于唐山交通大学，1936年获美国伊利诺伊大学力学硕士学位，1938年获美国密歇根大学冶金硕士学位。归国后致力于金属材料强度与强化等学科领域的研究与人才培养工作。1952年到交大任教，其领导的低碳马氏体的组织、性能与应用技术研究获国家科技进步一等奖。1980年当选中国科学院学部委员（院士）。
2月9日陕西省计算机网络重点实验室专家论证会在学校举行。
2月10日西安交大与国家信息中心、中国教育电视台联合将100套“通视多媒体信息接收系统”赠送给总参直属基层单位。总参谋长傅全有、教育部部长陈至立、副部长韦钰等出席了捐赠仪式。
2月3村3幢高层37 828平方米教工住宅楼交付使用，共432户，有411户喜迁新居。至此，3村教工住宅34幢楼及配套设施全部建成，有住户1 300余家。
3月1日学校与石河子大学签订合作办学协议，并建立西安交通大学石河子大学办学培训点，为石河子大学培养急需人才。
3月15～17日王建华副校长率团访问云南省，并与云南省政府签署了省校全面合作协议，其中1999年度启动11个项目。
3月16日陕西省教委、省科委、省计委正式批准西安交大生物医学工程实验室为陕西省重点实验室，机械产品质量保障与诊断重点实验室为省级重点实验室。
3月23日国家科技部公布1998年度国家级重点新产品计划项目，其中有西安交大4项。它们是：激光快速成型机、激光快速成型光固化树脂、低头数电脑绣花机和通视信息卡。
3月23日学校正式为首位长江学者、热能工程学科的郭烈锦教授颁发了聘书。
3月27日徐宗本、郑南宁、徐可为、万明习、王建华、钱德沛、郭烈锦、席酉民8位教授受聘为教育部第四届科学技术委员会学部委员。
3月31日学生处大学生科技与专利促进中心、科技处专利事务所、校工会青年教工委合作组织了“1+1科技促进活动”，该活动旨在组织青年教师带动大学生参与科技实践。
4月3日王宽诚教育基金会再次捐赠给学校50万元港币。
4月5日郑南宁教授当选第四届国务院学位委员会委员。
4月5日1999年学校参加网上异地录取试点工作。同时参加的还有清华大学、北京大学等12所高校。
4月5日国家发展计划委员会批准中国高等教育文献保障系统（CALIS）西北地区文献信息中心设在西安交大。
4月7日学校聘任中国工程院院士、清华大学教授金涌为兼职教授。
4月7～9日学校举行103周年系列校庆活动。期间，邀请中共陕西省委书记李建国作了“党的十五大以后跨世纪发展的陕西”的专题报告；举行了陈学俊院士从事教育与科技60周年暨80华诞庆祝活动；举行了校庆颁奖大会和1999年博士、硕士学位授予仪式及电话、校园网进入学生宿舍仪式等。
4月9～11日徐通模校长等4所交大校长赴广东看望校友，徐校长还代表学校与广州市签订全面合作协议。
4月12日校第12届科技、体育、文化艺术节开幕（自1988年开始，每年一次）。
4月15日原副校长程迺晋教授逝世。
4月18日徐通模校长赴港参加了由中国大学校长联谊会主办、香港中文大学承办的以“全球高等教育发展趋势”为题的“大学校长论坛”。徐校长还访问了香港中文大学等高校，并拜访了曾宪梓先生、邵逸夫先生等知名人士。在港期间，徐校长还会见了交通大学香港校友会代表。
4月19日史维祥教授指导的博士生赵升吨与吴业正教授指导的博士生厉彦忠的博士学位论文入选首届全国优秀博士学位论文。
4月19日西安交大国家级火炬计划项目激光快速成型机参加了1999中国中西部合作投资贸易洽谈会，创下了参展高校中成交额最大的高科技产品纪录。
4月19日校学工部、团委在全校大学生中开展了以“什么样的学生是一个真正的好学生，什么样的学生干部是一个好干部”为主题的“新时期三好学生、优秀学生干部的标准”的讨论。
4月19日学校被确定为陕西省教育系统校务公开试点单位。学校成立了校务公开领导小组，校长徐通模任组长，办公室设在工会。
4月26日校资产管理处成立，它是在原实验室与设备处、房屋土地管理处的基础上组建而成的。
4月30日陕西省教委组织专家对各高校申报的省教改项目进行评议，西安交大28个项目获准为省教改研究项目。
5月1日西安交通大学荣获“全国五一劳动奖状”，为全国高校获此荣誉的两所学校之一。
5月3日为庆祝“五四”运动80周年。晚上在新落成的思源学生活动中心1 999名学生与陕西省和学校的领导同志、两院院士、教授共同演唱了“黄河大合唱”。
5月4日学校隆重举行纪念“五四”运动80周年大会，表彰了一批先进团组织和个人并授予荣誉称号。
5月6日陕西省高校“纪念五四运动，迈向新世纪”演讲比赛在西安交大举行，管理学院学生邓刚获第一名。
5月12日经国家有关主管部门批准，校刊《西安交大》为正式报纸。
5月17日中共陕西省委、省政府决定加大支持西安交大发展的力度。并规定了扶植与支持发展的多项优惠政策。
5月19日徐通模校长主持召开校长办公会议，通过了“西安交通大学全国优秀博士学位论文指导教师奖励办法”、“西安交通大学招聘基础研究客座研究人员的管理办法（试行）”、“西安交通大学外聘科研人员酬金标准管理办法（试行）”和“西安交通大学外国留学生奖学金条例”；听取并讨论了1999年筒子楼改造（建）工作的规划、分配制度改革方案修改情况；研究同意“陕西省学位与研究生教育发展中心”挂靠在西安交大。
5月20日学校召开“深化机关改革，加强作风建设”动员大会，校党委副书记项新时就机关机构改革工作进行了总结。
5月20～22日在陕西省第二十二届大学生田径运动会上取得男、女团体第一名。其中，莫子高打破200米省高校纪录；侯徐晶打破男子铁饼省高校纪录；秦军、郝志刚、莫子高、张霄打破4×100米省高校纪录。
5月25日学校获得1999年度国家自然科学四等奖3项，国家科技进步三等奖4项。
5月25日电信学院教师万明习被人事部授予“有突出贡献的中青年科学、技术、管理专家”称号。
5月25日学校聘任福州耀华电子通信技术有限公司董事长、校友林瑞华为兼职教授。
5月28日学校聘任中国科学院数学研究院常务副院长章祥荪为兼职教授。
6月7日6位硕士研究生和6位本科生荣获IET教育基金会奖学金。IET教育基金会1993年成立于美国科罗拉多州，由美国国际工程技术公司（IET）捐款建立。西安交大于1999年成为IET基金会理事学校。1999年西安交大学生首次荣获此项奖励。
6月9日学校召开1999年科技工作会议，宣布了1998年“科研业绩综合奖励”评选结果，重奖了1998年度科研业绩综合分排在前100位的103名科研人员。业绩分数总排序中的第1～3名为特等奖，各奖1万元，获奖者为郭烈锦、席酉民、郑南宁。另外学校对有突出贡献的电子物理与器件研究所颁发集体特别奖奖金1.2万元；对润滑理论与轴承研究所颁发集体特别奖奖金1万元。
6月9日学校成立技术成果转移中心，王建华副校长任中心董事长。学校投资1 000万元，全面实施“腾飞计划”。
6月10日民革交大支部成立。
6月16日江泽民总书记的夫人王冶坪女士来校参观。
6月16日由西安交大、中国国家自然科学基金委和美国国家科学基金委联合发起并组织的1999年国际先进制造技术学术会议在西安举行。
由能动学院承办的第四届国际多相流与传热学学术会议、由理学院承办的第四届运筹学及其应用国际会议在西安交大召开。
6月24日校长办公会议审议并原则通过了“西安交通大学人事代理工作暂行办法”、“西安交通大学出国人员管理暂行规定”、“西安交通大学兼职教授聘任工作的实施办法”和“西安交通大学关于规范办学秩序，加强校园管理的决定”、“关于提前离岗和退休的有关补充规定”5个规章；决定对直属单位机构编制进行改革，通过了“直属单位机构编制改革方案”。
6月25日教育部部长陈至立、副部长周远清一行在中共陕西省委副书记范肖梅、副省长陈宗兴的陪同下视察西安交大。为促进省部共建，支持西安交大发展，教育部决定在行动计划等项目外再拨给西安交大1亿元人民币。陕西省人民政府决定1999年拨给1 600万元。
6月28日徐通模校长会见了以台湾工业技术研究院史钦泰院长为团长的1999年赴大陆科技交流访问团一行。当天又会见了即将就任台湾元智大学校长的詹世弘教授。
6月中共中央、国务院召开第三次全国教育工作会议，公布了中共中央、国务院“关于深化教育改革全面推进素质教育的决定”。会后学校组织传达和学习。
7月1日校党委再次被中共陕西省委评为先进基层党组织。
7月2日召开全校干部大会，王文生书记、徐通模校长在会上号召全校师生共同努力，把我校建设成为知识创新和培养高素质创新人才的重要基地。
7月5日学校举行1999届毕业典礼。应届毕业学生3 803人，其中，获博士学位的399人，获硕士学位的671人，毕业本科学生2 287人，毕业专科学生446人。
7月10日物理学家、教育家、终身教授赵富鑫逝世，享年95岁。
7月10日陕西省大中专学生暑期三下乡活动出发仪式在西安交大举行，来自全省的40余所学校参加了本次活动。
7月16日1999年学校扩招学生260人。扩招名额的80%以上集中在中西部地区。
7月16日化学工程学院和环境科学与工程研究中心组建成立环境与化学工程学院。
7月18日西安交大暑期三下乡活动被共青团中央评为先进集体。
8月10日 西安交大青岛研究院成立并举行首届研究生开学典礼。
8月22日学校授予美国国家科学委员会委员、美国伯克利加州大学原校长田长霖教授名誉博士称号。
8月23～25日为贯彻中共中央、国务院“关于深化教育改革全面推进素质教育的决定”，学校召开暑期工作会议，重点讨论如何启动教育部面向21世纪教育振兴行动计划中本校承担的任务。
8月26日西安交大与北方交大、上海交大、西南交大、台湾新竹交大5校的校友参加了香港中文大学崇基学院举办的“信息交流与拥抱未来”研讨会。参加会议的有近200名校友。
8月28日西安交大在由中央电视台和新加坡电视机构联合主办的第四届国际大专辩论会上再次夺得冠军。三辩、管理学院路一鸣获最佳辩手称号。9月14日，校辩论队被共青团陕西省委授予“新世纪突击队”称号。
8月面积8 600平方米的思源学生活动中心交付使用。
9月1日教育部确定西安交通大学等9所著名重点高校和地方政府实施重点共同建设。
9月1日据教育部公布，1998年西安交大校办产业总收入名列全国高校第6名。
9月3日本校和第四军医大学签订了合作办学协议，两校合作办学项目正式启动。
9月11日教育部、陕西省人民政府重点共建西安交通大学协议签字仪式在校科学馆举行。教育部部长陈至立和陕西省省长程安东分别在“教育部、陕西省人民政府重点共建西安交通大学协议书”上签字。教育部副部长周远清、中共陕西省委书记李建国、副书记范肖梅、副省长陈宗兴、西安市市长冯煦初等出席了签字仪式。
教育部和陕西省政府决定分别投入经费6亿元和3亿元共建西安交通大学。
9月12日李岚清副总理来校视察。陪同来访的有教育部部长陈至立、副部长周远清，中共陕西省委书记李建国、省长程安东。
9月12日1954级电机与电器专业近40名校友回母校团聚。全国人大常委会副委员长蒋正华参加了聚会。
9月21日学校与中国工商银行陕西分行、中国建设银行陕西分行分别签订了全面合作协议，两家银行将分别为学校提供5亿元人民币的贷款额度。
9月21日台湾台达电子文教基金会和西安大唐电信科技股份有限公司在学校设立奖学、奖教金。
9月28日学校召开第十五次研究生工作会议。会议的主题是：注重创新，提高质量。
9月28日学校成立综合招标领导小组，以规范学校物资采购、小型基建、物业管理等有形与无形资产的管理工作。领导小组组长由王建华副校长担任，办公室设在资产管理处。
9月30日学校隆重集会，庆祝建国50周年。学校和第四军医大学联合举办国庆文艺晚会。
9月学生第7、第8宿舍19 038平方米，第1、第2宿舍和东1～4舍筒子楼24 000平方米改造竣工。
9月东门过街天桥建成，校南门一期工程竣工。
9月学校从机械学院和能动学院1999级新生中各选出30名高考成绩拔尖的学生，组成机械工程大类教学改革试点班，以探索一条在机械工程大类实施更宽专业口径的培养人才模式。
10月1日校党委书记王文生荣获中国教育工会全国委员会颁发的“全心全意依靠教职工办学优秀党政领导干部奖”。
10月5～10日徐通模校长带队参加首届中国国际高新技术成果交易会。学校在此次会上被授予优秀组织奖。
10月9日西安交通大学罗克韦尔实验室落成开放，这是美国罗克韦尔自动化公司在我国西北部投资建设的首家一流自动化实验室。
10月10日全国人大常委会副委员长、民主建国会中央主席、国家自然科学基金委员会管理科学部主任成思危，国家自然科学基金委员会管理科学部副主任汪寿阳等来校视察。
10月12日学校首次4个项目获得国防科技重点实验室基金资助。资助经费总额为57万元。
10月12日邱捷在全国第六届归侨、侨眷代表大会上被评为1999年全国归侨、侨眷先进个人。
10月12日在第七届全国“华罗庚金杯少年数学邀请赛”中，附中白璐获一等奖。在第十届“希望杯全国数学邀请赛”中，附中初一的容宝华和高二的刘一分别荣获一等奖。
10月26日谢友柏院士荣获何梁何利基金科学与技术进步奖，是学校继陈学俊院士之后又一获此荣誉者。
10月底徐通模校长一行4人赴美参加在哈佛大学举行的中美大学校长研讨会。会议期间，徐校长专访了明尼苏达大学等友好学校，并参加了交通大学南加州校友会会议，拜访了许多资深校友。
10月底首批周边开发的教工住宅1村4舍、20舍、26舍通过验收，交付使用。首批按成本价购买的住户180户搬入新居。电脑城用房投入使用，电脑城陆续开业。
11月1～4日第十三届全国振动（与噪声）技术及应用会议在西安交大召开。
11月8日校党委书记王文生一行8人赴辽宁，与辽宁省省长张国光签署了省校科技合作协议书。
11月9日学校成立“国家贷款办公室”，以进一步做好贫困学生的救助工作，使其安心完成学业。
11月9日双良集团向西安交大捐赠10万元奖学金。这是双良集团第5次提供赞助。
11月9日博通资信有限公司研制开发的“博通制造资源计划及产品数据管理系统”和压缩机工程中心研制开发的“WX－0.67／7型涡旋式压缩机”被西安市科委列入“1999年度西安市重点新产品试制计划项目”。
11月16日经“长江学者奖励计划”专家评审委员会审定，管晓宏、孙军两位教授通过了第二批特聘教授资格评审。至此，已有郭烈锦、管晓宏、孙军3人通过该计划特聘教授资格评审。
11月21日在我国成功发射的第一艘“神舟”号航天飞船试验中，能动学院低温研究所、压缩机研究所为飞船空间环境地面模拟设备的建立及有关飞船试验作出了重要贡献。
11月30日～12月10日第六届教代会暨第十一届工代会第三次会议召开。本次会议主要议题是：讨论“西安交通大学建设世界知名高水平大学行动计划”，徐通模校长作了“为把西安交通大学建设成世界知名的高水平大学而努力奋斗”的报告，王文生书记作了“团结奋斗，开拓前进，确保行动计划顺利实施”的总结讲话。
12月3～5日学校召开“开展本科教育质量年工作会议”，检查、研究1999年9月～2000年10月期内质量年进展情况。
12月4日徐通模校长赴南京大学参加中国大学校长联谊会1999年论坛暨第三次理事会。会议就“面向21世纪如何建设高水平大学”和“大学如何加强科技创新、促进科技与经济社会发展相结合”等论题进行深入讨论。
12月10日陕西省18所高校研究生“迎澳门回归”大型文艺晚会暨万人签名活动在本校隆重举行。副省长贾治邦等省、市负责人暨各高校负责人观看了演出并参加万人签名活动。
12月15日在共青团第十四届三中全会上，西安交大荣获“五四红旗团委标兵”称号。教育系统仅有两所大学获此殊荣。
12月19日全校学生在思源学生活动中心、宪梓堂等场所收看澳门回归祖国政权交接仪式电视实况转播。
12月20日学校与西安城建开发总公司正式签订了房屋购置协议。协议的签订标志着学校超额完成了国家安排本校的一二期筒子楼改建任务，本校青年教师将彻底告别住筒子楼的历史。
12月21日校长办公会议讨论并原则通过“西安交通大学有关行政负责人经济责任审计实施办法”、“西安交通大学土地和零星基建管理办法”、“西安交通大学科技入股公司管理办法（试行）”；听取并原则同意“学生区新建公寓和改建后的筒子楼分配办法”；讨论并通过了西安交大思源科技股份有限公司筹备小组成员名单。
12月21～27日西安交通大学党风廉政建设工作会议召开。大会还表彰了全校党风廉政建设先进集体和先进个人。中纪委、监察部致信表示祝贺。
12月27日郑南宁教授当选为中国工程院院士。
12月27日著名作曲家赵季平受聘为兼职教授。
12月28日西安交大被科技部、教育部确定为国家大学科技园试点单位，全国共确定15个大学科技园为国家级大学科技园试点单位。
12月28日西安交大开元科技股份有限公司正式成立。西安交大开元科技股份有限公司是由西安交大作为主要发起人，在对开元集团有限责任公司增资扩股的基础上，联合陕西世纪伟业电子科技有限责任公司、西安田园科技有限公司、广东福地彩色显像管股份公司、深圳市汇聚力实业有限公司及部分自然人共同发起设立的，总股份8 000万元人民币，其中西安交大持国有法人股2 400万股。
12月30日又有两项新产品获得国家技术创新资助基金，分别是：博通资讯有限公司开发的“企业营销资源计划管理系统”（获得无偿资助基金60万元）、激光快速成型研究中心开发的“快速成型制造技术与装备”（获得无偿资助基金80万元）。
12月31日迎庆2000年大型篝火晚会在学校东操场举行，有万余名师生参加。
本年学校科技收入突破亿元；校科技园被列为国家大学科技园试点单位；获得7项国家科技成果奖励，其中自然科学四等奖3项，国家科技进步三等奖4项；在全国高校率先成立技术成果转移中心；争取到国家级科技项目多于往年。
本年基建投资5 962万元，施工面积111 960平方米，竣工面积19 038平方米，造价19 28万元。竣工主要项目为7层学生宿舍7号楼、8号楼。
至本年末全校设机械工程学院（1系及3个专业）、材料科学与工程学院（1系及1个专业）、能源与动力工程学院（7系及3个专业）、电气工程学院（4系及2个专业）、电子与信息工程学院（5系及4个专业）、建筑工程与力学学院（3系及3个专业）、环境与化学工程学院（5系及5个专业）、管理学院（5系及7个专业）、理学院（3系及3个专业）、人文社会科学学院（7系及7个专业）、体育部及继续教育学院与职业技术学院。有11个国家重点学科，13个“长江学者计划”批准设岗学科，11个博士后科研流动站，11个国家重点、专业、专项及教育部开放研究实验室，1个国家级工程研究中心。38个校办企业，148个研究机构，75个实验室。有40个博士授予学科（含9个二级学科），有博士生指导教师234人。
本学年有教职工4 149人，其中校本部教职工2 754人，有各类技术职称的正高级321人，副高职736人。专任教师1 252人，其中教授189人，副教授379人。
全校各类学生共计16 693人。全日制在校学生14 060人，其中研究生3 549人（博士生1 281人），本科生10 511人。
本年底学校占地132公顷，建筑面积693 874平方米，固定资产58 842万元，全年经费收入48 611万元，支出32 562万元，年末学校基金10 901万元。